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BioSODA: Eine intuitive Suchfunktion für Bioinformatikdatenbanken

 

Komplexe Bioinformatikdatenbanken bergen enormes Wissen, das aber nur mit technischem Know-How abgefragt werden kann. Ziel des Projekts ist es, eine intuitive, Google-ähnliche Suchfunktion zu entwickeln, die helfen soll, neue Zusammenhänge in den gespeicherten Daten zu erkennen.

Porträt / Projektbeschrieb (laufendes Forschungsprojekt)

Die Aufgabe dieses Projekts ist vergleichbar mit der Übersetzung von einer Sprache in eine andere. Unter Verwendung dieser Analogie kann man die Sprachen, die für die Abfrage von Bioinformatikdaten benutzt werden, mit Esperanto und Latein vergleichen. Werden diese Sprachen nicht oder nur schlecht beherrscht, lassen sich nur beschränkte biowissenschaftliche Erkenntnisse gewinnen, da die Kommunikation mit dem System harzt. BioSODA (Search Over DAta Warehouse for Biology) soll intuitive Suchbegriffe in komplexe Suchanfragen der Datenbanken umwandeln.

Hintergrund

Rasante Fortschritte in der DNA-Sequenzierung machen die Biowissenschaften zu einer sehr datenintensiven Disziplin. Unmengen an Bioinformatikdaten sind in komplexen Datenbanken gespeichert, die zwar auf mächtigen Technologien beruhen, doch für Abfragen viel Hintergrundwissen in Informatik benötigen. Für die effiziente Analyse von Dutzenden von Bioinformatikdatenbanken werden neue Suchtechnologien benötigt.

Ziele

Dieses Projekt entwickelt neue Google-ähnliche Suchmöglichkeiten, so dass Forschende die Datenbanken intuitiv abfragen und sich auf wissenschaftliche Fragestellungen konzentrieren können.

Bedeutung / Anwendung

BioSODA ermöglicht das einfachere Abfragen der riesigen Mengen an Bioinformatikdaten. Das Programm macht auch Suchvorschläge, um Informationen anzuzeigen, nach denen nicht ausdrücklich gesucht wurde. Wir erwarten uns einen einfacheren Zugang zu Wissen und somit raschere Kenntnisse von vielleicht noch unbekannten, biologischen Zusammenhängen.

Originaltitel

Bio-SODA: Enabling Complex, Semantic Queries to Bioinformatics Databases through Intuitive Searching over Data

Projektverantwortliche

  • Prof. Dr. Kurt Stockinger, Zurich University of Applied Sciences, Winterthur
  • Dr. Maria Anisimova, Zurich University of Applied Sciences & SIB, Wädenswil
  • Dr. Heinz Stockinger, SIB Swiss Institute of Bioinformatics, Lausanne
  • Prof. Dr. Marc Robinson-Rechavi, Département d'Ecologie et d'Evolution, Faculté de Biologie et de Médecine, Université de Lausanne & SIB
  • Prof. Dr. Christophe Dessimoz, Département d'Ecologie et d'Evolution, Faculté de Biologie et de Médecine, Université de Lausanne & SIB

 

 

Weitere Informationen zu diesem Inhalt

 Kontakt

Prof. Dr. Kurt Stockinger Zurich University of Applied Sciences Obere Kirchgasse 2
P.O. Box
8401 Winterthur stog@zhaw.ch

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